Príručka pre lekárov pre prácu s aplikáciou Workflow pre Generio
Aplikácia workflow je vedecko-výskumný program pre vytváranie datasetov za účelom vývoja algoritmov na automatizovanú diagnostiku.
V tabuľke sa nachádzajú štúdie uložené v užívateľom definovanom priečinku v priečinku \localPACS\Settings na domovskom disku. V prvom stĺpci je info o štúdii, ktoré je klikateľné a vyvolá otvorenie webstránky generia s informáciou o ID štúdie, vyšetrovanou oblasťou, prípadne MR protokolom. Neodosielajú sa žiadne osobné údaje.
Priradenie názvu vyšetrenia ku konkrétne otvorenému formuláru v gener.io si môže užívateľ nastaviť sám po kliknutí na jednotlivý hyperlink modality, kde sa otvorí textový súbor, v ktorom je uvedený názov vyšetrenia (tak ako sa zapisuje do DICOM) a za bodkočiarkov ID formulára, ktoré sa zobrazuje pri každom formulári v URL adrese.
Taktiež je možné nastaviť si spôsob vytvárania MR protokolu, podľa inštrukcii v príslušnom textovom súbore.
Spôsob vytvárania datasetov obrázkovo krok po kroku:
Po prihlásení do webaplikácie gener.io, kliknete hore vpravo na „Môj profil“ a následne vľavo na „Upraviť profil“. Zaškrtnite štvorček „Zaokrúhliť desatinné miesta na celé čísla“.
Toto nastavenie stačí spraviť raz, ďalej si ho systém zapamätá. Slúži na lepšiu identifikáciu meraní, ak napr. systém nespáruje Vami vložené merania s uloženými dicom meraniami, môže vás vyzvať pridať desatinné miesta.
Vrátite sa cez link vpravo hore „Generátor nálezov“ a môžete začať popisovať. Do formulárov zadávate Vaše nálezy, ak zadávate aj merania, nezabudnite vo Vašom dicom vieweri stlačiť tlačidlo uložiť, alebo v nastaveniach viewera nastaviť ukladanie meraní pri každom zavretí štúdie.
Keď budete hotový a pacient dal na to informovaný súhlas, stlačíte zelené tlačidlo vpravo dole „Export pre AI“, ktoré jednak uloží vygenerovaný popis do schránky (clipboard) a jednak stiahne dočasný súbor, do priečinku „stiahnuté súbory / downloads“.
Potom prejdite do tabuľky programu Generio Workflow, kde pri príslušnom pacientovi stlačíte link „Anonymizovať“.
Ak vytvorenie datasetu prebehlo bez problémov, systém vyhlási: „Anonymizácia prebehla úspešne“.
Ak zabudnete uložiť merania vo Vašom dicom vieweri a napriek tomu do formulára nejaké merania zadáte, aplikácia vypíše túto chybovú hlášku:
Ak nebolo možné spárovať merania zadané lekárom s meraniami uloženými v dicom súboroch, aplikácia zahlási akým spôsobom možno vyvolať nápravu. Napríklad ak zadáte do formuláru dvakrát rozmer 22, lebo zaokrúhlene mali obe ložiská rozmer 22mm, treba do formuláru zadať rozmer aj za desatinnou čiarkou.
V prípade, že sa pomýlite, stačí zmeniť vo formulári generia vstup, ktorý bol chybný a stlačiť „Export pre AI“ znova a dať opätovne „Anonymizovať“ v generio workflow. Dataset sa vždy prepíše novým datasetom.
Datasety sa ukladajú vo Vašom počítači v domovskom priečinku, konkrétne \localPACS\anonymized. V projekte určený pracovník Vám príde datasety prekopírovať. V prípade ak množstvo datasetov zaberá na Vašom disku príliš veľa miesta, prosím kontaktujte ho skôr. V každom datasete je mailová adresa vytvárajúceho lekára, teda bude možné ľahko stanoviť, koľkými datasetmi ste prispeli.
Dbajte prosíme na to, aby ste mali každý projekt riadne schválený etickou komisiou a od každého pacienta obdržali informovaný súhlas.
S pozdravom
Tím Generio